diye birşey farkettim webmaster tools bölümünde. .htaccess ile 301 yönlendirmesi yapılmış eski indexlerin anasayfaya yönlendirilmesi için.

Onu

RewriteEngine on

ErrorDocument 404 / http://www.siteadresi.com/

olarak değiştirdim. Sanırım sorun bundan kaynaklanıyor. Yani inşallah bundan kaynaklanıyordur.