Kullanıcı hatası olarak , keyloger gibi yazılım yemiş olabilir siniz, Bilgisayarınızı kontrol ediniz bu konuda , Onun dısında hosting sağlayıcınız ile görüşünüz ; Sitenizin Ftp logunu versin , Eger ki ftp logda silinmeler görünmüyorsa Sunucu bypass edilip, Root yetkisine olarak sitende ki dosyalar silinmiş olabilir.

Saygılar.