Müdür php ilk satır ile başlar, son satır ile biter.
Eğer arada işlem yapmak istiyorsan sleep komutu ile beklersin.
Ancak sleep komutu ile beklenen süre + işlem süresinin toplamı maksimum execution time'dan fazla olamaz.
O zaman daha önce @mehkar ın dediği gibi bir sistem yaparsın. Sayfayı refresh edecek bir kod yazarsın zamanı atarsın. Sonra herhangi bir bilgisayardan bot sayfanı çağırırsın. Sayfa 5 dakikada bir kendini yeniler ve botun tekrar çalışmasını sağlar.

php arka planda çalışma özelliği olmayan bir sistem. ya maksimum execution time'ı sonsuz yapacaksın o zaman da bir hatalı döngüde ya da dönmyene bir kodda makine tamamen takılır. ya da kendi kendini yineleyen refresh kodlu bir şey yazacaksın.