Yazdıklarınızdan şunu anladım;

Haber sitesi vardı > css tasarıma çevirip anasayfada php ile blog yazılarını gösterdiniz > sitenin hitleri düştü > subdomain'e mi yoksa ana dizine mi wp kurmalıydım diyorsunuz?

Yazılım ve tasarım değişimi siteniz ve yapılan çalışmalara göre hit ve sıralama kaybı yaşatır. (Web tasarım kelimesinde 2. sayfadan 1. sayfaya taşıdığı görüldü.)
Yazılımınızı Wordpress yada benzer özel bir kod yapısıyla olmasını tavsiye ederim.
Eğer ana dizinde daha güncel bir site olacaksa alt dizine yok sadece .html bir tasarım kalacaksa ana dizine kurunuz.