<?php if ( is_home() && !is_paged()) : ?>
<div id="header"><?php bloginfo('name') ?></div>
<?php else : ?>
<div id="header"><a rel="nofollow" href="<?php bloginfo('home') ?>/" title="Back to home"><?php bloginfo('name') ?></a></div>
<?php endif // is_home() && !is_paged() ?>
<?php include (TEMPLATEPATH.'/ad1.php') ?>

Son satırların bunlar senin. Eğer her sayfada logo olsun ve anasayfaya yönlenmiş link olsun diyorsan aşağıdaki gibi değiştirirsin.

<div id="header">
<a rel="nofollow" href="<?php bloginfo('home') ?>/" title="Back to home"><img src="logonun adresi"></a>
</div>
<?php include (TEMPLATEPATH.'/ad1.php') ?>

Eğer olmazsa aşağıdaki kodu dene...

 
<?php if ( is_home() && !is_paged()) : ?>
<div id="header"><img src="logonun adresi"></div>
<?php else : ?>
<div id="header"><a rel="nofollow" href="<?php bloginfo('home') ?>/" title="Back to home"><img src="logonun adresi"></a></div>
<?php endif // is_home() && !is_paged() ?>
<?php include (TEMPLATEPATH.'/ad1.php') ?>

logonun adresi olan kısımları değiştireceksin..