js virus yiyenlerin çoğu CuteFTP yi cracki kullananlar
crack in içinde virus var ve bu virus sizin ftp adresinizi bildiriyor
sonra kendi bilmez bu adam sitenizin ftp sine girerek js lerde ve index default head header foot footer gibi bazı dosyaları kendi js veya php kodlarını gömerek sitenizin erişimine engel sağlıyor veya sizin üzerinizden nemalanıyor...

crack li FTP programı kullanmamanızı tavsiye ederim
Kullandığım programlar FileZilla ve WinSCP