Arkadaşım neden sorun olsun ki, zaten jquery'yi bir kere dahil ettikten sonra bütün sayfalarında istediğin hemen her şeyi yapabiliyorsun nerdeyse javascript adına.

prototype kullanmadım hiç ihtiyacım olmadı jquery varken ama, çakışmaması için de $() kullanımına dikkat etmen yeterli sanırım.