Bir kaç araştırma yaptıktan sonra çözüm yolunu buldum. Sadece extension kaldırmak için kullanılan metod şu şekilde;

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ $1.php [L,QSA]