index.php'de yayınlanmasını istemediğiniz kategoriler

<?php

      $page = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;

      query_posts("cat=-1,-50&paged=$page&posts_per_page=4"); ?>

Burada bulunana cat=-1,-50 yazıyorsun eğer - işareti koymazsan sadece seçili kategoriyi alır. Sorun bundan kaynaklanıyor.