Muhtemelen sorun herkesin başının belası olan gumblar virüsü ile alakalıdır...

Bu virüs FTP erişimi yapan kullanıcının bilgisayarına girer..

Kullanıcı FTP bağlantısı yapınca herkese (php dosyalarına mesela) iframe kodu atar

Bu siteden veya sunucudan kaynaklanmaz.. O siteye FTP erişimi yapan kullanıcıdan kaynaklanır

Bu kullanıcıdan virüsü temizlemekle ilgili google de çok geniş kaynak bulabilirsiniz.