yine mysql ile yapacaksın kullanıcı tablosunda sütun oluşturursun 'okunmus_mesajlar' diye buraya mesaj id numaralarını virgülle ayırarak yerleştirirsin ondan sonra php ile de kontrolünü halledersin, ben sana formülü anlattım kodlarıda kolayca bulabilirsin, bulamazsan yine yardımcı olurum