Şu şekilde olabilir.
Muhtemelen siz o bölüm veya kategorilerden hiçbirisini bir menüye bağlamamışsınız. Bu durumda seçim yapıp git dediğinizde Itemid=1 yani ana sayfa olarak gelir. Bu nedenle ana sayfada seçili olan tüm modüller görünecektir.
Bölümlerden herhangi birisini menüye bağlayıp denerseniz ana sayfa modülleri çıkıyormu çıkmıyormu deneyebilirsiniz.