O eskide kaldı
Artık : /usr/local/cpanel/bin/apache_conf_distiller --update
Komutuyla güncelleyebiliyorsun.
WHM/cPanel ise;
Account Functions > siteadresi.com > CGI Privilege kutudaki işareti kaldırın.
Rebuild derken, tekrar derlemeden bahsetmemiştim üstad.
Ayrıca hesabın cgi yetkisini kapatmak çözüm değil, symlink okuyan biri farklı hesaba geçiş yapıp o hesabın cgi yetkisiyle işlem yapabilir.