Ana dizinde ki dosyamızın adı index.php diyelim. Ve alt klasörümüzün adı altklasor içinde ki include etmek istediğimiz dosyanın adı da altsayfa.php olsun.

<?php
$DOCUMENT_ROOT = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'];
include_once("$DOCUMENT_ROOT/altklasor/altsayfa.php");
?>

şeklinde yaparsan alt dizin üst dizin diye karıştırmana gerek kalmaz doğrudan yolu yazmış olursun.

Ya da istersen

<?php
include_once("altklasor/altsayfa.php");
?>

şeklinde de kullanabilirsin.

Not: İkinci kodda başına / koyarsan kök dizin, ./ koyarsan bulunduğun dizin, ../ koyarsan da bir üst dizini gösterirsin.