Üzerine geldiğinde/gittiğinde çalışan diğer fonksiyonu stop edersen fonksiyonun sonuna kadar çalışmasını durdurmuş olursun.

<script type="text/javascript">
function uzerineGeldi(ID)
{
    $(".linkler").animate().stop();
    $("#" + ID).fadeIn("slow");
}

function uzerindenGitti()
{
    $(".linkler").animate().stop();
}
</script>

<ul>
   <li class="linkler" id="link1"><a href="#">Menü 1</a></li>
   <li class="linkler" id="link2"><a href="#">Menü 2</a></li>
   <li class="linkler" id="link3"><a href="#">Menü 3</a></li>
</ul>