shell olayı ile ilgili benimde zamanında başım çok ağrımıştı. WHM/cpanel kullanıyorsanız, güzel bir mod_security, php.ini disable_functions ayarı ve open_basedir (gerçi tek başına da yeter bu) ayarları ile engelleyebilmiştik.
Genelde kullanılan w*rez scriptlerden giriyordu shell. Biraz titizlik göstermek gerekiyor bu konuda.
Arkadaşa geçmiş olsun, awtservers'a da umarım en kısa zamanda bu sorunu çözer dileklerimizi iletelim.