Rectanlugar Marquee Tool ( M ) aracını seçip isterseniz rengi ayrı olan yerleri silersiniz isterseniz yeni layer oluşturarak kareyi çizip renkle doldurabilirsiniz...

Çalışma alanınızda tam olarak ne yaptığınızı bilmediğim için direk en basit yöntemi söyledim.Ama burada ki mesela turuncu alanın layerini iki kere tıklayın blending options menüsüne gelip ( layer style ) Color Overlay'ı tıklayıp bi bakarmısınız hala çift renk mi ?

Ayrıca çalışırken de mi böyle yoksa kayıt ettikten sonra mı böyle oluyor ?

Ona göre cevap verelim kolay gelsin.