biden fazla mysql bağlantısı yapabilirsin.

http://tr.php.net/manual/en/function.mysql-query.php

resource mysql_query ( string $query [, resource $link_identifier ] )

$baglanti farklı isimler kullanmalısın.

mysql_query('asdasdasd',$baglanti);
mysql_query('asdasdasd',$baglanti2);