Fonksiyonunu şu şekilde değiştirirsen olur;

function ara($bas, $son, $yazi){
	preg_match_all('/' . preg_quote($bas, '/') .'(.*?)'. preg_quote($son, '/').'/si', $yazi, $m);
	return $m[1];
}

Sadece /i'yi /si yaptım. s düzenli ifadelerde yeni satırların da kapsanmasını sağlar.