1 veritabanına 1'den fazla wordpress kurulduğunu görmüştüm bir ara ama siz en iyisi her site için 1 adet veritabanı oluşturun
wp mu ile wp kurulabiliyor. joomla ise diğer arkadaşların dediği gibi tablo ön eklerini değiştirerek olabilir. Ama ilerde hata yaşayacaktır.
En garanti kurulum farklı klasör ve farklı databaselere kurulum yapmak ancak aynı database ve farklı tablo önekinin de bir sorun yaratacağını sanmıyorum.
farklı tablo ön ekleri ile sorun yaşanır gibi geliyor bana, çünkü ortak kullanıldığı için aynı db farklı bir joomla için bir eklenti veya bağımsız birşey yükleyeceksin diğerini de etkiler.