Aramayı php ile mi yapmak istiyorsunuz yoksa program ile mi?
Php ile yapacaksanız dosyalar kabardıkça bu işlem kasabilir. Birçok klasör gezilecek ve dosyalar tek tek açılıp bakılacak sonuçta.

İlla php ile olsun diyorsanız recursive fonksiyon kullanmanız en mantıklısı olur, şurada da arama ile ilgili bir sınıf paylaşılmış, fakat incelemedim sadece klasör adlarında arıyor olabilir.