Bunun teknik olarak .htaccess ile yapılabileceğinden emin değilim. O sayfaya erişimi .htaccess ile engellerseniz seo url'lerinizle eriştiğinizde de sayfa engelli görünecek diye düşünüyorum.

En iyisi php ile yapmak, sayfalarınızın ve değişkenlerinizin adları görünse dahi php dosyalara direkt erişim sağlanamaz. Şöyle bir kodu sayfanın başına ekleyerek halledebilirsiniz;

$sayfa = $_SERVER['REQUEST_URI'];
if(strstr($sayfa,'.php')) {
	echo 'Bu sayfaya erişim izniniz yok.';
	//veya header('Location: index.php');
	exit;
}

Bu kodun ekli olduğu sayfalarda x.php?a=4 gibi bir erişim söz konusu olmaz.

İlla ki .htaccess ile yapacağım diyorsanız bir şey öneremeyeceğim, bildiğim yöntemler sayfaya herhangi bir şekilde dışarıdan erişimi tamamen engellemek üzerine.