Soru php ile ilgili değil ama yine de yol gösterecek bir şeyler söyleyeyim.
Şöyle bir muhabbet var;

<input type="file" accept="application/x-rar-compressed">

Ama bunu doğru dürüst destekleyen browser yok. IE6'da ve ff ile opera'nın son sürümlerinde denedim, sadece opera'da çalıştı.

imageshack.us yapıyor böyle bir şeyi, ama orada da swf ile ilgili bir durum var diye düşünüyorum. Şuradaki scriptte bu özellik var, onu inceleyebilirsiniz.

Önemli not: dosya tipini bu şekilde seçtirmek sadece kullanıcıya kolaylık açısından yararlı olabilir, kesinlikle güvenlik sağlamaz, server tarafında dosya tipi kontrol edilmeli.