Performans için tablonuzu uye INT(255), ark INT(255) yapıp ikisine de INDEX oluşturmalısınız. Web alanınızı baya bir kısıtlayacak olmasının yanında bence gözle görülür performans artışı sağlar. Sorgunuz da şöyle olur:

$gyu = $_GET['gyu']; // gys: giriş yapmış üye, 25 döndüğünü varsayalım
$pbu = $_GET['pbu']; // pbu: profiline bakılan üye, 14 döndüğünü varsayalım

mysql_query(
"SELECT gyu.uye, pbu.uye, gyu.ark, pbu.ark
FROM arklar AS gyu
INNER JOIN arklar AS pbu
ON (pbu.ark=gyu.ark AND pbu.uye='14')
WHERE gyu.uye='25'"
);

Denedim, sorunsuz çalışıyor bu. Tablo şöyle komple:

CREATE TABLE `arklar` (
  `uye` int(255) NOT NULL,
  `ark` int(255) NOT NULL,
  KEY `uye` (`uye`),
  KEY `ark` (`ark`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;

-- 
-- Dumping data for table `arklar`
-- 

INSERT INTO `arklar` VALUES (14, 14);
INSERT INTO `arklar` VALUES (25, 14);
INSERT INTO `arklar` VALUES (14, 15);
INSERT INTO `arklar` VALUES (25, 15);
INSERT INTO `arklar` VALUES (14, 8);
INSERT INTO `arklar` VALUES (25, 8);
INSERT INTO `arklar` VALUES (14, 18);
INSERT INTO `arklar` VALUES (25, 18);
INSERT INTO `arklar` VALUES (14, 17);
INSERT INTO `arklar` VALUES (25, 17);
INSERT INTO `arklar` VALUES (14, 24);
INSERT INTO `arklar` VALUES (25, 44);
INSERT INTO `arklar` VALUES (14, 64);
INSERT INTO `arklar` VALUES (25, 47);