Dosyalarınız için;
Açıp farklı kaydet deyin, kodlama kısmını utf-8 seçin.
head tagları arasına ekleyin;

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />

Scriptinizde;
Veritabanınızı utf-8 olarak oluşturun, tablolarınizda da aynı şekilde utf-8 karakter setini seçin.
Veritabanı bağlantısı yapılan yerden sonra şu kodları ekleyin;

mysql_query("SET NAMES 'utf8'");
mysql_query("SET CHARACTER SET 'utf8'");
mysql_query("SET COLLATION_CONNECTION = 'utf8_turkish_ci'");

Ya da aynı şekilde; meta tagında iso-8859-9, php kodunda ve veritabanında da latin5 kullanın.
Konuyla ilgili birçok başlık mevcut, arama yaparak daha fazlasına ulaşabilirsiniz ama temel olarak bu adımlardan sonra problem çözülür.