Veritabanı kayıtlarınızda karakterlerin doğru kaydedildiğinden emin misiniz? Normalde bu şartlar altında düzelmesi gerek. Kullandığınız sınıfın içinde ekstradan karakter seti tanımlaması olabilir. set_charset fonksiyonunda problem olabilir. query fonksiyonunun doğru çalıştığına eminseniz, bağlantıdan sonra aşağıdaki kodda çift tırnak içinde olanları query fonksiyonu ile çağırın. En kesin çözüm sınıfın içine veritabanı bağlantısından sorna direkt bu kodları eklemek olur aslında.

mysql_query("SET NAMES 'utf8'");
mysql_query("SET CHARACTER SET 'utf8'");
mysql_query("SET COLLATION_CONNECTION = 'utf8_turkish_ci'");

Edit: karakter setinde general veya unicode utf8 kullanıyorsanız utf8_turkish_ci yazan yerin turkish kısmını kullandığınızla değiştirin.