Php'de standart olarak file_get_html() diye bir fonksiyon yoktur. Sanırım bir sınıf ya da kullanıcı tanımlı bir fonksiyon kullanıyorsun. Bu sınıfın ya da fonksiyonun kodlarını eklersen yardımcı olabiliriz.

Yapacağın şey kabaca;
1 - Veriyi çektiği sayfaya git ve kaynak koduna bak. Karakterler yine &355; gibi mi tanım lı? (evet-1.1, hayır-1.2)
1.1 - Kodda veririn yazdırıldığı ya da döndürüldüğü (echo ya da return) yeri bul ve şunu ekle; html_entity_decode($burada_degiskenin_olacak, ENT_QUOTES)
1.2 - htmlspecialchars ve htmlentities fonksiyonlarını temizle.

Yine olmazsa karakter seti ile ilgili de bir problemin var demek.