Merhaba belirttiğiniz sistemdeki gibi dosyaları editlemek sistem performansını güvenlik açısından olumsuz sonuçlar oluşturabilir bahsettiğiniz sistemlerdeki dosya editleme mantığı veritabanı ile ilişkilendirilmiş dosyalar da geçerlidir yani ;
diyelim ki bir indexsiniz var ve burda reklam alanlarını panelden güncellenebilir yapmak istiyorsunuz bunun için;

Veritabanı

1 - mysql veya hangi veri tabanını kullanıyorsanız buraya reklam_alanları adında bir alan oluşturmanız ve bu alanı longtex olarak tanımlamanız gerkemektedir.

Form güncelleme alanı
2 - Admin panelinde bir formun içinde textarea oluşturun ve bu textarea nın value kısmını php ile sorgu çalıştırarak biraz önce oluşturduğunuz reklamlar%_alanı tablosundaki long alanındaki verileri htmlentities_decode ederek textarea nın value kısmına yazdırın.

Form Post
3 - Bir önceki maddede oluşturduğun içersine long text alandaki verileri çektiğin formu post etmek için yani veritabınındaki longtext alanı güncellemek için bir sayfa oluşturman gerekli.
Bu sayfada textareadaki metni alıp htmlentities ile entitilere ayırıp veri tabındaki reklamlar_bölümündeki long text alanı update ederek panel kısmını tamamlamış bulunursun..

4 - index sayfasındaki reklamlar alanında sql sorgusu çalıştırarak reklamlar tablosundaki longtext alanı htmlentities_decode ile edip sayfana yazdırabilirsin..

Umarım düzgün anlatmışımdır. Kolay gelsin.