Bilgisayarında virüs varsa şifre değişmekte pek faydalı olmuyor. Aslında en makul çözüm ftp deki işlemleri cpanelden yapmak gibi geliyor bana yinede siz filezillaya şifrenizi kaydetmeyin her girişte elle yazmak biraz zor olabilir ama gerekli bir önlem.

http://www.emsisoft.com/en/software/eek/ bunu indirin ve virüs programınız ne olursa olsun belli aralıklarla bilgisayarınızı bununla taratın kurulum gerektirmek zipten çıkarmanız yeterli ilk seferde güncelleme yaparsanız daha iyi olur.