FTP programı kullanıyorsan oradan bulaşmıştır. Normal dosyaları sildiğinde tekrar yazılıyorsa JS uzantılı dosyalarına da yazılmış olabilir onlrı da kontrol et. Bilg format at şifrelerini değiştir.
Kişisel önerim FTP programı kullanma onun yerine CPaneldeki uploader'ı kullan, rahat et