yazdığım bir haber sisteminde bende de böyle bir problem olmuştu. Bir fonksiyon yazarak halletmiştim. Umarım sizde de çözüm olur.

function duzenle($yazi)
{
$karakter=array("ç","Ç","ÄŸ","Ä","б","Ğ°","ö","Ö","ÅŸ","Å","ü","Ãœ");
$karakterdegis=array("ç","Ç","ğ","Ğ","ı","İ","ö","Ö","ş","Ş","ü","Ü");
$yazi=str_replace($karakter,$karakterdegis,$yazi);
return $yazi;
}