Sayfanda karakter seti belirtiyorsan 3. satırdaki header fonksiyonunu sil.

<?

header('content-type: text/html; charset=iso-8859-9');
$target_site = file_get_contents('http://www.frmtr.com/universiteler/3578879-g-antep-tip.html');

preg_match_all('/<!-- message -->(.*?)<!-- \/ message -->/si', $target_site, $record);

for($i=0; $i<=count($record); $i++){
$sayi = '<font color=red>';
$sayi .= $i+1;
$sayi .= "</font>";
echo $sayi;
echo $record[0][$i];
} 
?>

Ayrıca XHTML'ye uygun değil bu. color=red gibi tırnaksız kullanman zaten yanlış, ve onun yerine <span style="font-color: red;"></span> kullanman daha iyi.