div tagları sizde farklı demek ki.

<script>
window.setTimeout("document.getElementById('birinci').style.display = 'none';document.getElementById('player').style.display = '';",10000);
</script>

yukarda ki kodda birinci ve player isimli div olduğunu belirtiyor.Önce birinci div açılçak 10 saniye sonra ise player isimli div açılacak anlamına geliyor.
Dolaysıyla senin reklam kodun birinci div tagının içinde video kodun ise player div tagısının içinde olmalı.

önce ki mesajımda verdiğim kod'a player tagını eklemedim gerek duymamıştım.
Şimdi hepsini vereyim yeniden deneyiniz.

<div class="video-box">
			<script>
window.setTimeout("document.getElementById('birinci').style.display = 'none';document.getElementById('player').style.display = '';",17000);
</script>

<center>

<div id="birinci" style="display:block">
                   reklam kodu buraya gelecek.






<div class="yukleniyor"><a href="javascript:void(-1)" onclick="document.getElementById('birinci').style.display = 'none';document.getElementById('player').style.display = '';">Yükleniyor Lütfen Bekleyiniz Veya ' <span style="color:#d60000;">Tanıtımı Geç</span> 'e Tıklayınız</a></div>

	</div>

<div id="player" style="display:none">
	<center>

					<?php the_content(''); ?>
					
					
				


</center>


					</div>

evet yapılabilir. Yukarda mantığını açıklamaya çalıştım aynı mantıkla temanıza göre düzenleyebilirsiniz.