Hazırladığınız .htaccess'deki link yapılarına göre scriptteki linkleri düzenlemen gerekiyor. Mesela .htaccess dosyasında RewriteRule ^haber/(.*)-(.*).html$ haber.php?id=$1 [L] gibi ise scriptinizdeki linkleri haber/233-haber-basligi.html şeklinde yaptırmanız gerekir. Burdaki 233 haberin id'sidir.

Örnek .htaccess

Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteRule ^hakkimizda/$ index.php?sayfa=hakkimizda [L]
RewriteRule ^iletisim/$ index.php?sayfa=iletisim [L]

Örnek Menü
<a href="http://www.siteniz.com/hakkimizda/">Hakkımızda</a>
<a href="http://www.siteniz.com/iletisim/">İletişim</a>

Umarım yardımcı olmuşumdur.