popup olayı javascript ile alakalı, ve bu popup pencerenin günde 1 yada 2 defa çıkması ise php ile alakalı.

her üye için session veya db de bir field bulundurarak yapabilirsin

session ile kısa bir örnek

$_SESSION[userPopup] = array(0,date('U')); //popup bilgilerini set edelim

if($_SESSION[userPopup][0] == false){
    
     //popup kodunu buraya yerleştir

       $_SESSION[userPopup][0] = 1; //user birkere popup gordu
       $_SESSION[userPopup][1] = date('U'); //user popupu nezaman gordu
}else{

     $tarih = (date('U') - 1080000)
     if($tarih >= $_SESSION[userPopup][1]){ //gordugu tarihi 5 saat gecmisse
     
      //popup kodunu buraya yerleştir

       $_SESSION[userPopup][0] = 1; //user birkere popup gordu
       $_SESSION[userPopup][1] = date('U'); //user popupu nezaman gordu

     }

}

yalnız session ile yapıldığında tarayıcısını her kapatıp açtığında görür
ve yazdığım kodu hızlı yazdım kontrol et mantık yanlışım olabilir