phpmyadmin'den wp_terms tablosuna gir. kategorilerin id numarasını buradan değiştirebilirsin.
id numarası önce olan önce listelenir.

Şunu da deneyebilirsin.
kategori slug değerlerini değiştirirsen düzelir.
şu şekilde yap
kategori1 kısa adını kategori3 yap
kategori2 kısa adını kategori1 yap
kategori3 kısa adını kategori2 yap