1- Buna en iyi yardımcı olabilcek insanlar php kodlamasında iyi olan kişiler.Ancak ek şifreleme ile admin paneli şifreleyebilirsiniz benim aklıma gelen ve her daim kullandığım yöntem.Birde scriptin sitesini takip ederseniz buglar için yamalar olur yayınlanır.
2- Paypal ile ödeme alınabilir, paypal bussines yani iş hesapı açarsanız orda size ödeme alabilmeniz için gerekli kodları dökümanları paypal sunuyor.Ayrıca sciptte bunun için özellik sanırım var.
Kredi kartı için ise bankanın birinden sanal pos almanız lazım ve onuda script ile entegre etmek lazım.Ancak sanal pos almaz biraz zor iş.
Onun dışında mail order yada eft gibi yollar ilede ödeme alabilirsiniz.

Şahsi olarak tavsiyem osCommerce yerine opencart yazılımını kullanmanız ücretsizdir ve osCommerce den daha çok güncellenir.Üstelik Türkçe destek siteside mevcut.