Anlamsız karakterler satır sonlarının Unix stili (LF) olmasından kaynaklanıyor.

Notepad++ 'da Düzen->EOF Conversion menüsünden Windows u seçersen kurtulursun.

Ayrıca Görünüm-> Karakter Göster-> Tüm Karakterleri Göster seçeneğiyle boşluk dahil dosya içerisindeki bütün karakterleri görebilirsin.

Windows satır sonu (CR/LF)
Unix satır sonu (LF)
Mac satır sonu (CR)

Kolay gelsin...