Otomatik çeviren bir program varmı bilmiyorum ama olsada sağlıklı olmaz diye düşünüyorum.

Mysql veritabanını mssql e linked server yapıp aktarım sağlanabilir.

Tablo ve kayıt sayısı ile ilgili bilgi verirseniz, yardımcı olmaya çalışalım.