2 gündür bu iş için uykusuz kaldık olay şu arkadaşım kesin çözümdür.

Yolunla alakalı sıkıntın var PHP 4 te sorun yaşamadan çalışan EXEC PHP 5 ile abuklaştı sanırım biraz.

define('FFMPEG_LIBRARY', '/usr/local/bin/ffmpeg ');
$exec_string = FFMPEG_LIBRARY.'

Şeklinde kodlamaya devam ederseniz problemsiz çalışıyor. ( PHP 5 de )