yapamıyorum ki tam olarak biraz daha açıklamalı şekilde anlatabilirmisiniz ?
Illa webmaster toolstan yapacaksanız, sitenizin her iki yazılış şeklinide ekleyin.
Yani hem
sitenizinadi.com
hem de
www.sitenizinadi.com
adreslerini webmastertoolstan siteniz olarak ekleyin. Google size ikisi içinde ayrı ayrı doğrulama kodu verecek. Her iki koduda, anasayfanıza ekleyin. Her iki site içinde webmastertoolstan doğrulamayı gerçekleştirin. Sonrasında yaşadığınız sorun ortadan kalkacak.