arkadaşlar ben de şöyle bir fikir vereyim. saatli olarak değilde. klasördeki dosya boyutuna bakarak denetleme yapılabilir.

klasörde olması istenen maximum dosya boyutu ($maxfilesize) 1000mb olsun
maksimum upload boyutu ($uploadlimit) 100mb olsun
klasörün şu anki boyutu da $dirsize olsun

1- form.php den upload.php ye veri gelir.
2- upload.php veriyi işlemeden önce klasördeki dosya boyutlarını toplar.
3- $dirsize + $upload limit > $maxfilesize klasörü temizle ve move_uploaded_file()
4- değilse move_uploaded_file()

böylece klasör boyutu her zaman belirlenen $maxfilesize değerinin altında kalır.

saatle denetleme yapıldığında klasör boyutu çok düşükde olsa silecektr.