Öyle yapılıyor zaten. CronJob'ın mantığı, belirtilen saatte, sunucunun söylenen dosyayı kendisinin açıp çalıştırması.

Ayrıca şöyle de yapılabilir;

$sorgu = mysql_query("SELECT * FROM `dosyalar` WHERE `zaman` < '".(time()-(60*60*24))."'");

while($row = mysql_fetch_assoc($sorgu))
{
  unlink($row['dosyam']);
  //veya
  mysql_query("DELETE FROM `dosyalar` WHERE `id`='$row[id]'");
}