Yukarıdaki arkadaşın verdiği kodlara ek olarak şu kontrolu kullanırsan php dosyayı otomatik olarak silecektir.

$dosyaismi = "" // Kontrolden çıkıp silinmesi gereken dosyanın ismi buraya yazılacak. 
unlink($dosyaismi)

Daha sonra cron dan sil.php dosyasını istediğin zaman açmasını ve işleme koymasını isteyebilirsin.