Ben başıma geleni anlatayım: .js dosyalarından başka, "index.php" "home.php" "default.php" isimli dosyalarıma bulaşmıştı. wp-includes içindeki "default-widgets" "defalut-filters" dosyalarına yine o kod eklenmişti. Ayrıca site ftp'sindeki "tüm" .js dosyalarına bulaştı; temadan tut eklentilere kadar. Hatta admin panelimde hala hata veriyor, temalar kısmına girince "bu sayfa zarar verebilir" hatası alıyorum Chrome'da.

Çözümü ise dediğim dosyaları ilk önce elle temizledim, PHP dosyalarını. Sonra tüm .js'lere bulaştığını öğrendiğimde tüm site dosyalarını tekrar upload ettim. Tema dosyalarındakini da elden geçirdim. Şu an bir sıkıntı yok, inşallah bundan sonra da olmaz. Siz de inşallah sorunları en kısa sürede halledersiniz.