Muhtemelen arkadaş yapmıştır diye düşünüyorum ama sen yinede CPanel 'i bir update dene.
SSH üzerinden girince /scripts/upcp --force komutu ile bir update etmeyi dene dostum.
Sonra tekrardan bak bir değişiklik varmı diye yoksa en sağlıklısı daha büyük sorunlar vermeden formatlamak.