Tavsiyelerinizi ekledikçe mesajı güncelleyeceğim
.htaccess dosyasını genellikle sef için kullanırız ama sitenin bir çok ayarını değiştirebilir.
Sunucu bazında değiştiremediğimiz ayarları o site için değiştirebiliriz.

İlk olarak örneğin upload klasörümüzde diyelim php dosyası öyle böyle yüklendi, onun çalışmasını engellemek için
deny from all
<Files ~ "^\w+\.(gif|jpe?g|png|swf)$">
order deny,allow
allow from all
</Files>
eklersek o klasörde sadece jpg,jpeg,png,gif ve swf dosyaları çalışır

php_flag register_globals off
php_flag magic_quotes_gpc on (php 6 da çalışmayacak)
register_globals güvenlik açığıdır,sunucu açsa bile bu sayede kapatabilirsiniz
ikinci satır ise post ve getten gelen verileri otomatik addslashed yapar,güvenlik için önemli

Misafir adlı üyeden alıntı: mesajı görüntüle
DirectoryIndex  Default.php index.php
//açılış sayfamızı bu şekilde tayin ederiz Default.php yoksa index.php açar


ErrorDocument 404 /404.php
//hata sayfalarımızı bu şekilde tayin ederiz olmayan birşey arandığında 404.php adlı sayfa açılır hata sayfaları çoğaltılabilir 500 403 401 400 vs
aklıma geldikçe yazarım konu altına

resim,flash,javascript,css dosyalarını uzun süre kullanıcı tarafında kalmasını sağlayabiliriz (expires)
<IfModule mod_expires.c>
ExpiresActive On
ExpiresByType image/png A1555200
ExpiresByType text/javascript A1555200
ExpiresByType image/jpeg A1555200
ExpiresByType image/gif A1555200
ExpiresByType text/css A1555200
ExpiresByType image/x-png A1555200
ExpiresByType application/x-javascript A1555200
</IfModule>


ByTriSLaSiS adlı üyeden alıntı: mesajı görüntüle
301 yönlendirme
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www.tr.site.com/$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.site.com/$1 [L,R=301]
husee3 adlı üyeden alıntı: mesajı görüntüle
Options -Indexes +FollowSymLinks
klasör içinde index dosyası yoksa klasörlere dışardan erişimi engeller

erkutarhan adlı üyeden alıntı: mesajı görüntüle
Diyelim ki sunucunun varsayılan karakteri ile sizinki uymuyor, bu durumda her dosya için karakter seti ayarı yapmak yerine .htaccess ile tam çözüm yapılır

AddDefaultCharset UTF-8
Sadece php uzantılar içinse
AddDefaultCharset UTF-8 .php