<ul id="nav">
                        <li <?php if(is_home()) { echo ' class="current-cat" '; } ?>><a href="<?php bloginfo('url'); ?>">Anasayfa</a></li>
                        <?php wp_list_categories('depth=1&hide_empty=1&orderby=name&order=ASC&title_li=&exclude=1,2,3' ); ?>        
                    </ul>
1 2 3 yerine göstermek istemediğiniz kategorileri yazın. exclude gizleme argümanıdır