Aslında kodunuz array değil object. Obje adını bilmediğim için $obje olarak ele aldım. Simple XML tarzı çalışmalarda genelde böyle döner...

Eşitlik kısmına aldırmayın ilk kısmı çağırdığında çıkan sonuç anlamında kullandım.

$obje->cities->city[0]->trcode = 0;
$obje->cities->city[0]->cityName = 'Belirtilmemiş';

$obje->cities->city[1]->trcode = 1;
$obje->cities->city[1]->cityName = 'Adana';