"1.si site.com/dosya1.php ye tıkladığında işlemlerini dosya.php?id=1 , 2 , 3 , 4 vs.. 10 a kadar yapıyor"

Frame ile yapıyorsan, Cron çalıştırmaz. 2. olanı çalıştırmakta mecbursun yani. Onun için cronu gece 4-5 aralarına kurarsan pek etkilemez sunucu. Rahat olur.